El río Troncoso discurre por el extremo noroccidental del LIC continental de Baixa Limia, una zona que destaca por su elevado número de endemismos locales, brezales y robledales. El LIC Baixa Limia posee un gran interés geomorfológico debido a la presencia de los circos glaciares más bajos de la península ibérica. La parte portuguesa del río Trancoso-Troncoso forma parte de Reserva de la Biosfera Transfronteriza Gerês-Xurés, situándose en su zona de transición.