El bosque de ribera del río Miño es único en Galicia. Destacan poblaciones de alisos, diferentes especies de sauce, robles, fresnos, chopos, olmos, abedules y laureles. Cañaverales de carrizo se extienden por todo el espacio concentrándose en las junqueras de Salcidos y San Miguel de Tabagón. En las playas de la margen portuguesa se encuentra la escasísima camariña y, en la zona gallega, la azucena de mar (Pancratium maritimun) .

El interés faunístico del Baixo Miño se caracteriza por su riqueza ornitológica e ictiológica. Más de cincuenta especies de aves acuáticas invernan en el estuario como la garza, la garceta, el zampullín, el ánade real, el sibón, el porrón moñudo o la cerceta, etc. La presencia de especies piscícolas como el salmón, el reo, la lamprea, el sábalo, la angula, la anguila, así como de otros peces de estuario como la solla o lubina, hacen de la desembocadura del Miño una zona de tradición pesquera de enorme interés.